Die Schweiz hat Mali 1960 als unabhängigen Staat anerkannt. 1961 nahmen die beiden Länder diplomatische Beziehungen auf. Trotz einer Reihe bilateraler Verträge (Handel, wirtschaftliche Zusammenarbeit, gegenseitiger Investitionsschutz, Zivilluftfahrt) blieb der Wirtschaftsaustausch bescheiden.

Seit Ende der 1970er Jahre ist Mali ein Schwerpunktland der schweizerischen Entwicklungszusammenarbeit. Über das Koordinationsbüro in der Hauptstadt Bamako unterstützt die Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit (Deza) Projekte in den Bereichen Gesundheitswesen, nachhaltige Bewirtschaftung der natürlichen Ressourcen und Dezentralisierung. 2005 leistete die Deza zudem Nahrungsmittelhilfe.