Mit keinem anderen Land der Welt unterhält die Schweiz so intensive Beziehungen wie mit der Bundesrepublik Deutschland, was ein breites und solides Fundament für die Gestaltung der Zusammenarbeit schafft.

Das über 200 Verträge umfassende Vertragswerk zwischen unseren Staaten wird ergänzt durch die bilateralen Abkommen der Schweiz mit der EU, welche auch die Personenfreizügigkeit und die Schengen-Assoziation umfassen. Regelmässige formelle und informelle Kontakte auf allen Ebenen dienen der vertieften Zusammenarbeit. Seit 2003 besteht ein institutionalisierter Kontakt zwischen dem Schweizer Parlament und dem deutschen Bundestag.

Die engen bilateralen Beziehungen werden zurzeit durch die einseitigen deutschen Anflugbeschränkungen auf den Flughafen Zürich belastet. Die deutsche Massnahme ist erstaunlich, da die Flugbewegungen einen deutlichen Bezug zu Deutschland haben. So werden rund 70 % der Flugbewegungen am Flughafen Zürich von deutschen Fluggesellschaften ausgeführt oder solchen, die in deutschem Besitz sind (Swiss, Lufthansa, Air Berlin usw.). Fast ein Viertel der Flugbewegungen finden von und nach Deutschland statt. Der Flughafen Zürich ist die wichtigste Luftverkehrsinfrastruktur der Schweiz und bildet einen wesentlichen Faktor sowohl für die Schweizer Volkswirtschaft als auch für die grenzüberschreitende Region. Im April 2008 vereinbarten der Schweizerische Bundesrat und Frau Bundeskanzlerin Merkel, eine gemeinsame Lärmbelastungsanalyse gemäss internationalen Standards durchzuführen. Diese im November 2009 veröffentlichte gemeinsame Lärmbelastungsanalyse zeigt, dass der vom Flughafen Zürich ausgehende Lärm auf deutschem Gebiet unterhalb der Lärmgrenzwerte sowohl des deutschen als auch des schweizerischen Rechts liegt. Daher sieht sich die Schweiz in ihrer Forderung nach Aufhebung der im Jahr 2003 beschlossenen An- und Abflugrestriktionen der DVO bestätigt. Eine schweizerisch-deutsche Arbeitsgruppe versucht zurzeit, eine Lösung zu finden.

Im Fiskalbereich wurden am 10. August 2011 die Verhandlungen über offene Steuerfragen abgeschlossen und ein Steuerabkommen paraphiert. Die Verhandlungen wurden im Januar 2011 auf der Basis einer gemeinsamen Erklärung vom Herbst 2010 aufgenommen. Als nächster Schritt nach der Paraphierung erfolgt die Unterzeichnung durch die beiden Regierungen, danach müssen die Gesetzgebungsorgane beider Länder dem Abkommen zustimmen. Das Abkommen soll Anfang 2013 in Kraft treten.

Deutschland ist der wichtigste Handelspartner der Schweiz. Der Nutzen aus dieser engen Verflechtung kommt nicht nur der Schweiz, sondern auch Deutschland zu. So ist Deutschland Marktführer auf dem Schweizer Importmarkt: Ein Drittel aller Importe in die Schweiz stammt aus Deutschland. Das sind mehr als die Einfuhren aus Italien, Frankreich, den USA und den Niederlanden zusammen. Damit kaufen die 7.8 Millionen Einwohner der Schweiz etwa halb so viel von Deutschland wie die über 300 Millionen US-Amerikaner. Das Handelsvolumen (Importe und Exporte) ist 2009 krisenbedingt stark eingebrochen und betrug 90.8 Milliarden Franken, was einem Rückgang von 16.3% gegenüber 2008 entspricht. Seit Ende 2009 hat sich der bilaterale Handelsaustausch jedoch wieder erholt. Deutschland weist gegenüber der Schweiz regelmässig einen Handelsbilanzüberschuss auf (2010: CHF 19.3 Mrd.).
 
Mit einem Gesamtbestand von 55.8 Milliarden Franken für 2009 ist die Schweiz der fünftgrösste ausländische Direktinvestor in Deutschland nach den EU-Staaten und den USA und beschäftigt in Deutschland rund 251‘000 Personen. Deutschland ist das sechstwichtigste Herkunftsland von Direktinvestitionen in der Schweiz mit einem Bestand von 33.1 Milliarden Franken für 2009 und beschäftigt rund 103‘000 Personen in der Schweiz.

Seit 2007 ist die Schweiz das wichtigste Auswanderungsland für Deutsche. Mittlerweile leben über 260'000 Deutsche in der Schweiz und bilden damit nach den Italienerinnen und Italienern die grösste ausländische Bevölkerungsgruppe. Die Zuwanderung erfolgt aber auch in die Gegenrichtung: Die Zahl der Schweizer in Deutschland hat in den letzten Jahren zugenommen: mittlerweile wohnen über 77‘000 Schweizer in Deutschland.

Der weitgehend von der privaten Initiative getragene, teilweise aber auch von Pro Helvetia, Präsenz Schweiz und einzelnen Kantonen (Künstlerateliers) geförderte Austausch von Schweizer Kulturschaffenden mit dem deutschen Kulturraum ist nicht nur wesentlich für die deutschsprachige Schweiz, ihre Literatur, ihr Verlags- und Filmwesen, sondern befruchtet das kulturelle Schaffen in allen Landesteilen. Die engen kulturellen Beziehungen zwischen den beiden Ländern haben eine lange Tradition und sind von der gemeinsamen Sprache geprägt.

Eine besondere Qualität und Bedeutung haben die grenznachbarlichen Beziehungen. Das deutsche Bundesland Baden-Württemberg ist ein wichtiger Partner für die Schweiz, insbesondere für die Schweizer Grenzkantone. Über 57'000 deutsche Grenzgänger haben ihren Arbeitsplatz in der Schweiz und erwirtschaften gesamthaft ein Erwerbseinkommen von etwa 7 Milliarden Schweizer Franken. Die Ausgestaltung der grenznachbarlichen Zusammenarbeit, die "kleine Aussenpolitik", fällt in die Kompetenz der Kantone und lebt von deren Initiative. Die intensive regionale Zusammenarbeit, die vor allem in den grenzüberschreitenden Regionen des Oberrheins (Region Basel) und des Bodensees sehr eng ist, wird in den Bereichen Verkehr, Sicherheit und Kultur konstant ausgebaut. Grenzüberschreitende Organe wie die Oberrhein-Konferenz und die Internationale Bodenseekonferenz geben dieser Zusammenarbeit einen institutionellen Rahmen. Bis Mitte 2012 hat die Schweiz die Präsidentschaft der Regierungskommission des Oberrheins inne.