Die Schweiz verfügt über eine maritime Handelsflotte. Sie wird vom Schweizerischen Seeschifffahrtsamt (SSA) des Eidgenössischen Departements für auswärtige Angelegenheiten (EDA) betreut. Das SSA führt auch ein Register für sämtliche schweizerischen Hochseejachten und Kleinboote.

Auf dem Rhein und seinen Nebenflüssen geniesst die Schweiz Schifffahrtsfreiheit und damit einen abgabenfreien Zugang zum Meer. Sie ist Mitglied der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt (ZKR) mit Sitz in Strassburg.

Der Bund kann schweizerische Handelsschiffe in Notzeiten in seinen Dienst stellen, um die wirtschaftliche Landesversorgung zu garantieren. Die Schweizer Flotte zur See wurde im Kriegsjahr 1941 zu diesem Zweck gegründet. Die Sicherstellung der Landesversorgung im Konfliktfall ist nach wie vor Daseinszweck der Handelsflotte unter Schweizer Flagge, obwohl die Schiffe ausschliesslich in privatem Eigentum stehen und in Friedenszeiten marktwirtschaftlich betrieben werden.