Le relazioni bilaterali tra i due Paesi sono poco intense. Vengono tuttavia prese in considerazione possibili vie per rafforzare tali relazioni, in particolare nel settore delle borse di studio e del sostegno a organizzazioni non governative.

Dal 2007 l'ambasciatore svizzero ad Antananarivo, in Madagascar, è accreditato a Moroni. Nell'aprile del 2012 hanno avuto luogo contatti tra l'ambasciatore svizzero e il ministro delle relazioni esterne e della cooperazione, il presidente dell'Assemblea nazionale, il presidente dell'isola della Grande Comore, diversi parlamentari e il consigliere diplomatico del presidente dell'Unione al fine di approfondire le relazioni tra i due Paesi.

Le relazioni economiche e commerciali tra la Svizzera e le Comore sono limitate, ma con un potenziale di sviluppo.

I ricercatori e gli artisti delle Comore possono candidarsi per una borsa di studio d’eccellenza universitaria della Confederazione Svizzera presso la Segreteria di Stato per l'educazione e la ricerca (SER).

A partire dal 2013 l'Ambasciata di Svizzera ad Antananarivo ha inoltre deciso di estendere la sua offerta di finanziamento per piccole azioni di sviluppo e di salvaguardia dei diritti dell'uomo a organizzazioni non governative con base alle Comore.

Due cittadini svizzeri sono registrati presso l'ambasciata ad Antananarivo come residenti permanenti alle Comore. Gli svizzeri si recano in questo Paese per turismo oppure nell'ambito di istituzioni di soccorso e di progetti di organizzazioni non governative.

Due anni dopo l'indipendenza dell'Unione delle Comore, ottenuta nel 1975, la Svizzera ha avviato relazioni diplomatiche con il nuovo Stato. Dal 1977 al 2007 le relazioni con le Comore sono state gestite dall'Ambasciata di Svizzera in Tanzania.